Ide awal pembentukan International Junior Science Olympiad berasal dari beberapa individu seperti Prof. Masno Ginting, Prof. Yohanes Surya dan Dr. Hamid Muhammad (Direktur pendidikan lanjutan pertama Depdiknas).  Prof. Masno Ginting dipilih sebagai chairman untuk melaksanakan IJSO 1, segenap pembiayaan ditutup oleh Depdiknas. Prof. Yohanes Surya menjadi pelatih tim yang bertugas menyiapkan tim IJSO agar dapat menghasilkan prestasi yang baik.

IJSO ini didirikan untuk mendorong siswa-siswa SMP berkompetisi dalam bidang sains. Diharapkan melalui kompetisi ini maka kecintaan terhadap sains kian lama kian bertambah. IJSO ini juga sebagai langkah awal sebelum siswa berlomba di kompetisi tingkat SMA seperti APhO dan IPhO.

IJSO 1 yang diadakan di Jakarta 2004 berlangsung sukses. Dari segi prestasi, Indonesia dengan menurunkan 2 tim berhasil meraih juara umum dengan 8 medali emas dan 4 perak.  Sukses IJSO 1 ini diikuti dengan sukses IJSO 2 yang diadakan di Yogyakarta tahun 2005. Pada IJSO 2 ini tim Indonesia kembali meraih juara umum dengan meraih 6 medali emas 4 perak dan 2 perunggu.  Kemudian dalam IJSO 3 yang diadakan di Brazil 2006, Tim Indonesia meraih 2 emas 3 perak dan 1 perunggu. Di Brazil ini Indonesia hanya mengirim 1 tim yang terdiri dari 6 siswa.

IJSO Website:
http://www.ijso-official.org/

Yohanes Surya